CONFRAS es una organización cooperativa de tercer grado. En la Confederación están integradas siete federaciones de cooperativas agropecuarias y dos asociaciones de productores y productoras individuales, que se ubican en un segundo nivel de la estructura nacional.

Las 7 federaciones afilian a 131 cooperativas agropecuarias de base, o sea, de primer nivel, que se encuentran ubicadas en 11 de los 14 departamentos de la República de El Salvador. Y las dos asociaciones integran 827 productores y productoras que cultivan y producen de manera individual.